El Servicio de Practicaje y Pilotaje fue incorporado a la orgánica institucional bajo dependencia directa del Prefecto Nacional Naval.

La implementación del proceso de reforma del Estado, a partir de 1991, dio lugar al retiro de la actividad estatal en los procesos económicos.

De tal forma se descentralizaron y desregularon todas aquellas actividades y servicios que podían ser prestadas por los particulares, entre ellas, las tareas de practicaje, pilotaje y baquía.

En la actualidad esos servicios son contratados directamente entre los usuarios y los prácticos habilitados, conviniendo libremente la tarifa contractual. No obstante, la Prefectura Naval Argentina ejerce el poder de policía para garantizar la adecuada prestación de los servicios en todos los aspectos vinculados con la seguridad de la navegación. Para ello, se abrió el Registro de Profesionales Prácticos, sin límite de número, acotado sólo por la edad; pudiendo habilitar, inhabilitar y cancelar, conforme las facultades de la reglamentación.

Además, brinda servicio de apoyo para el traslado, embarque y desembarque de los prácticos, en aquellos lugares donde los particulares no lo hicieren o a requerimiento de la autoridad de aplicación.

También debe prestar los servicios de practicaje o pilotaje en aquellas zonas donde no hubiera práctico, piloto o baqueano o las ofertas de los servicios adquiriesen comportamientos monopólicos.

En la actualidad, el Servicio de Practicaje, Pilotaje y Baquía depende orgánicamente de la Dirección de Policía de Seguridad de la Navegación.